Niragira sau đó được bổ nhiệm làm Tổng thư ký của Ủy ban Hòa giải và Sự thật Burunian, với mục đích điều tra các cuộc diệt chủng của người Burundi; bà đã chỉ định một hội đồng tư vấn quốc tế vào tháng 3 năm 2016, cho phép bàng việc của ủy ban bắt đầu.[13] Ủy ban đã thực hiện một chương trình xác định và khai quật các ngôi mộ tập thể, xác định nạn nhân và thủ phạm nếu có thể và các cơ quan cải táng có tang lễ thích hợp. Ngôi mộ tập thể đầu tiên được khai quật vào tháng 6 năm 2017; hơn 2.500 được ước tính tồn tại trong nước. Niragira đã hứa sẽ thực hiện một hệ thống bồi thường cho các nạn nhân và gia đình của họ.[14]